Die Storyline folgt dem Manga "Vampire Knight" von Matsuri Hino und den gleichnamigen "Animes Vampire Knight"  und  "Vampire Knight Guilty".

Die Cross Academy ist eine Eliteschule in Japan. Sie beinhaltet die Japanische Mittel - und Oberschule und ist ...sehr speziell.

Jeden Morgen gehen die Sonnenanbeter, die Dayclasschüler, wie gewohnt in ihren Unterricht. Dieser beginnt um 08.30 h und endet um 16.00 h. Den Rest des Tages geben sie sich all den Tätigkeiten hin, die das Leben eines normalen japanischen Mittel - und Oberschülers prägen.

Doch mit Einbruch der Dämmerung wird es interessant:

Wenn die Sonne am Horizont zu sinken beginnt, erwachen unsere Mondanbeter, die Night Class. Es sind die Söhne und Töchter der geheimen vampirischen Gesellschaft, die verborgen unter uns lebt, und die hier zur Schule gehen. Sie sind nicht  mehr auf das Blut von Menschen angewiesen, dank eines neuartigen Medikaments namens BL-XXXV 06 Epsilon, durch Vampire entwickelt,  welches den Durst unterdrückt und als Nahrungsersatz dient.

Nicht einmal die Schüler der Dayclass wissen, wer diese mysteriösen Mitschüler wirklich sind, und ein strenges Regelwerk sowie speziell ausgebildete Vertrauensschüler, die sogenannten Guardians soll die Mondanbeter davor schützen, das ihre wahre Indentität offengelegt wird - und die Angehörigen der Dayclass davor, als kleiner Snack um die Mitternachtsstunde zu enden.

Der Schulbegründer, Kaien Kurosu, und Kaname Kuran, reinblütiger Sohn von edelster Abstammung aus dem Geschlecht der Vampire,  arbeiten mit der Academy an einen gemeinsamen Traum: Eine Gesellschaft, in der Menschen UND Vampire irgendwann miteinander in Frieden leben können.

Nach Jahrtausenden der Feindschaft zwischen den beiden Rassen, zwischen Raubtier und Beute  ist das kein leichtes Ziel, und es ist mehr als logisch, dass das Konzept der cross Academy sowohl an der Schule immer wieder für aufregende Zwischenfälle sorgt, als auch für Skepsis in den Reihen des vampirischen Konzils und seinem menschlichen Gegenstück, der Hunter Society.

So stehen der Cross Academy und ihren Schülern, ob menschlich oder Wesen der Dunkelheit,  aufregende Zeiten ins Haus, bevor sich der Traum verwirklichen kann.